明治維新後、京都の町が深刻な危機にある中教育の重要性にいち早く着目された地域の先人の力により、明治２年、番組小学校として、後の皆山小学校、菊浜小学校、植柳小学校、稚松小学校が生まれました。そして明治６年には、当時はまだ、京都市に編入されていなかった崇仁地域においても、教育への熱い思いから学校づくりがなされ、後の崇仁小学校が誕生いたしました。
　以来、それぞれの学校で歴史ある教育実践がなされてきましたが、学制の変更や少子化による統合を経、さらなる少子化に直面した時、「子どもの教育のため」と、それぞれの学校の閉校を決意され、新しい小学校の開校を求める要望書が平成１９年２月６日に地元５学区（皆山・菊浜・植柳・崇仁・稚松）から教育委員会に提出されました。
　これを受け、平成２２年４月開校を目指し、地元５学区の地域住民や各小学校ＰＴＡ、教員が一堂に会し「ワークショップ（新校舎への夢を語る会）」を開催するなど、地元住民や保護者の熱い思いやアイデアを採り入れながら基本計画・設計等の策定を進めてきました。
　この長い歴史に支えられ、平成２２年４月に本校は開校しました。