本校は桂川（大堰川）の源流域に位置し，京都市左京区花背峠以北の５地域（別所・花脊・広河原・久多・百井）の内およそ半分の面積を占める別所・花脊・広河原の３つの地域を通学区（約６６．１平方キロメートル）としている。地域内には標高が７００メートルから９００メートルの山が広がり，標高４００メートルから６００メートルの桂川及び別所川沿いの平地に南北約２０キロメートルにわたり集落が点在し，約１８０世帯，四百数十名の人々が生活を営んでいる。
　豊かな自然に恵まれ，夏は登山やハイキングを始め，渓流釣りに訪れる人々も多く，冬には深い雪に覆われる京都近郊の典型的な山村である。土地利用は耕作地に比べ，森林が圧倒的な面積を占めるため，産業は木材生産・加工が中心となっているが，農業・自営業や市街地・市内中心部への通勤者も多い。
　平安京造営のために入山した人々によって拓かれたという由緒ある地域で，祇園祭の粽（ちまき）の原料となる良質のクマザサを産し，北部には平清盛ゆかりの大悲山峰定寺があり，夏には旧若狭街道沿いの地域の伝統行事の「松上げ」が行われている。古来より，木材や薪・炭の生産，笹の葉や山菜の採集等の産業を発展させてきた。
　地域内には，市民や児童生徒の野外活動（教育）施設「花背山の家」や高齢者の社会福祉施設「花友はなせ」，森林公園（体験施設）「山村都市交流の森」などが整備されている。
　保護者には本地域外からの転入も多いが，地域の山村の共同体としての伝統が引き継がれ，子どもたちにとって好ましい地域の人的教育環境が保たれている。