明治維新後の1872年（明治５年），日本国政府は近代的学校教育制度を樹立するため「学制」を発布した。京都ではこれに先立つ1869年（明治２年），町衆の手で６４校の小学校が設立された。弥栄中学校の前身はこのとき当地に生まれた下京第33番組小学校であり，初代校長は杉浦治郎右衛門為充氏（祇園「一力」の九代目当主）であった。
　本校の沿革は次の通りである。
1869年（明治2年） 下京第33番組小学校として設立される。
　　　　　　　　　　　校舎は当時の町会所を転用，改築された
1872年（明治5年） 八坂学校と改称する
1877年（明治10年）弥栄校と改称する
1918年（大正7年） 学校創立50年記念祝賀会を挙行する
1939年（昭和9年） 室戸台風襲来，人的被害はなかったが，校舎の破損は
　　　　　　　　　　　大きかった
1941年（昭和16年）国民学校令公布，京都市弥栄国民学校と改称する
1941年（昭和23年）弥栄小学校廃校，校舎を中学校に転用する
1941年（昭和23年）京都市立弥栄中学校として発足する。
1941年（昭和44年）弥栄校創立百周年記念式典を挙行する
1941年（平成 8年）京都市教育委員会より教育功労賞を受賞する。
　以上のように本校は創立以来幾多の変遷を経て今日に至っている。