戦国時代には京都にも多くの山城や砦があったようです。凉森神社の西にも応永年間（室町時代・１３９０年〜１４２０年ころ）「美豆城」が存在していました。京都では，金閣寺ができたころです。大正のころまで石垣や水路があったようです。（木田 明氏編纂から）このことから，美豆城が建てられたころには，すでに凉森神社は存在していたのではないかと思われます。