東山開睛館学校運営協議会の組織は次のようになっています。

●理事会は12名の理事で構成され、学校経営方針の承認や学校関係者評価、企画推進委員会の活動の企画や総括を行います。
●顧問は各学区の自治連合会等会長様にお願いをし、必要に応じて理事会に対してご意見をいただきます。
●教育後援会は企画推進委員会の活動等教育活動で必要となる資金提供を目的として設立されています。
●企画推進委員会はご登録いただいている企画推進委員の皆様で構成され、具体的な活動を行っていただく実動部隊です。
●学術顧問団としては現在のところお二人にご登録いただいています。
　西川信廣氏・・・京都産業大学文化学部教授（専門：教育制度学）本校理事
　桶谷　守氏・・・京都教育大学教授（専門：生徒指導等）